核磁共振对软组织以及中枢神经系统有很高的敏感性，所以可以用于全身多脏器疾病的诊断。在头部可以用于脑出血性疾病、脑缺血性疾病、脑脓肿、脑肿瘤、脑白质的病变，以及脑血管的病变等等。
在小器官方面，可以诊断甲状腺以及乳腺疾病，特别是对占位性病变有很高的敏感性。在腹部，可以诊断肝脏、脾脏、胆囊、胰腺、泌尿系统，以及妇科疾病的诊断，包括各种占位性病变，以及某些炎症性的病变。在肌肉方面，还可以诊断一些皮下组织的疾病。