先天性免疫缺陷克罗恩病的治疗，主要有以下几种：一、内科的药物治疗。二、外科的手术治疗。三、一般情况的调理。
第一、内科治疗主要是通过药物来控制肠道的炎性病变，主要有氨基水杨酸制剂以及激素类，必要时用免疫抑制剂等。
第二、外科的手术治疗主要是先天性免疫缺陷克罗恩病，出现一些严重的并发症，最常见的是肠梗阻、肠粘连、肠内外瘘形成的情况，通过手术来解除梗阻、脓肿、腹腔的感染等问题。
第三、一般治疗主要包括戒烟、戒酒，调整生活习惯，避免吃一些辛辣、刺激的食物等。