巧克力囊肿的病人怀孕以后，病情会得到控制。如果是巧克力囊肿比较小，有可能减小甚至于消失。巧克力囊肿的疾病本质就是卵巢的子宫内膜异位症，是由具有活性的子宫内膜组织异位到了卵巢内。异位到卵巢内的子宫内膜组织，每个月随着卵巢分泌的雌孕激素周期性改变，异位的子宫内膜就会发生增生、剥脱、出血，伴随着月经来潮。异位的子宫内膜出血不会从阴道流出来，但是会在卵巢内形成一个出血的血肿。每个月形成出血，最终在卵巢内就会形成巧克力样液体，其实就是血肿。
巧克力囊肿引起的主要症状是继发性痛经，呈进行性加重，从这个就可以看出来巧克力囊肿疾病的本质是受雌孕激素的影响，如果雌孕激素的影响，不能够引起子宫内膜的剥脱出血，这个病情就会得到控制。怀孕以后女性要停经九个月零七天，在这样的情况下卵巢内异位的子宫内膜就会得到控制，不会发生增生、剥脱和出血。等妊娠结束以后，巧克力囊肿的病情得到控制，甚至有可能会消失。