如果男性阴茎里出现疼痛的症状，可能有以下几个原因：
第一、如果阴茎在疲软的状态下感到疼痛，是由于阴茎头、尿道、膀胱，以及前列腺的感染、炎症、结石所造成，比如尿道炎，患者表现为排尿或者排尿结束的时候，出现阴茎内疼痛的症状，同时伴有尿频、尿急、憋不住尿、尿道口流分泌物的症状。如果是阴茎头炎或者是包皮炎，症状表现为包皮和阴茎头的红肿、发痒，还有阴茎疼痛，严重的时候还会出现溃疡。另外，包皮过长或者是包茎的患者，出现包皮嵌顿的时候，也会引起阴茎疼痛的症状。
第二、阴茎在勃起的时候感到疼痛，是由于阴茎海绵体硬结症、尿道下裂，或者阴茎异常勃起等疾病所造成。