男性的尿道炎可分为特异性的感染，如淋球菌性的尿道炎以及非淋菌性尿道炎。淋球菌性尿道炎主要的治疗是早期诊断，早期治疗，正规、合理用药以及追踪性伴侣同时治疗，治疗后密切随访，要注意有无沙眼衣原体、支原体和其他感染。一般性的治疗包括多饮水、禁食辛辣刺激的食物，治疗未愈期间应当禁止性生活，污染的衣物应当同家里人的分开，常用推荐的治疗药物有头孢曲松、头孢克肟以及环丙沙星、左氧氟沙星。
如果沙眼衣原体的感染未排除，也予以治疗，推荐的方案是阿奇霉素和多西环素。非淋球菌性尿道炎，多数是考虑沙眼衣原体和解脲支原体、人型支原体等，多种特异性微生物感染引起，在治疗上，药物主要是针对支原体和衣原体的用药，目前常用推荐的药物是阿奇霉素和多西环素，其他可替代的是左氧氟沙星。如果考虑有滴虫，应当加甲硝唑等药物进行治疗。