小儿肠炎灌肠的危害主要包括以下几方面，由于灌肠属于局部用药，有时可能会对身体局部产生刺激症状，导致孩子病情加重，也有一部分孩子对灌肠非常敏感，可能会引起腹泻次数增多或者大便的量增多等临床表现。所以小儿灌肠并不是适合于所有的孩子，一般能够选择口服药物治疗的情况下，尽量还是选择口服药物进行治疗小儿肠炎。
如果孩子喂药困难或者伴有明显的呕吐不能进食的情况下，同时孩子静脉输液，血管难寻找，这种情况下再建议采用灌肠治疗。而且灌肠的时候也要注意观察孩子的临床症状，如果临床症状没有好转，反而加重，要立即停止对小儿进行灌肠治疗。