潜伏期尖锐湿疣需要治疗，尖锐湿疣的潜伏期特别长，为1-8个月，平均在三个月左右。
尖锐湿疣的治疗，在疣体祛除后1-2个月最容易复发，此时处于潜伏期时为避免尖锐湿疣的复发，也需要积极治疗，可以在长疣体处外用干扰素凝胶，或者疣体发病处基底部注射干扰素，相对复发的几率就会降低很多。此外，可以口服抗病毒药和提高免疫力的药物，像盐酸伐昔洛韦颗粒、溶菌酶肠溶片、转移因子胶囊等。