六君子丸属于中成药，没有明确的服药时间规定，说明服药时间对药效影响不大，饭前吃或者饭后吃都可以，最佳服药时间需要具体问题具体分析。六君子丸对胃肠道有一定的刺激作用，个别患者服药后会出现恶心、呕吐等胃肠道不良反应，对于出现胃肠道反应的患者或者平时脾胃功能较弱的患者可以饭后服用，以降低药物对胃肠道的刺激作用。
饭前服药的优点是可以减少食物对药物吸收的影响，提高药物的生物利用度，让药物更好的发挥作用。如果服药后没有什么不良反应的发生，饭前吃也可以。注意，一旦确定服药的时间，要在整个服药期间保持相对稳定的时间吃药，这对保持稳定的血药浓度非常重要。