乙肝小三阳应根据患者的乙肝病毒DNA、转氨酶水平和肝脏疾病的严重程度，同时需要结合患者的年龄、家族史和伴随疾病等情况，综合判断是否抗病毒治疗。如果乙肝病毒DNA阳性，且转氨酶持续或反复升高，并排除其他原因引起的转氨酶升高，应抗病毒治疗。
超声或CT检查有肝硬化表现的，应抗病毒治疗。有肝硬化或肝癌家族史的，而且年龄>30岁的，也应抗病毒治疗。无肝硬化或肝癌家族史的，但年龄>30岁的，应做肝脏弹性测定，或做肝穿肝组织学检查，有明显的肝脏炎症或纤维化的也应抗病毒治疗。
有肾小球肾炎或血管炎等肝外疾病的，也应抗病毒治疗。对于乙肝病毒DNA阴性，转氨酶持续正常的，可不予抗病毒治疗，但应定期复查肝功、乙肝病毒DNA和肝脏超声等检查。