肾结石手术通常是在麻醉的状态下进行，因此手术的过程全程没有痛感。不过手术以后，当麻醉药的效力消退以后，都会有不同程度的疼痛感，疼痛的程度也因人而异。手术可以做全麻、腰麻、连硬外麻醉、基础麻醉，小手术甚至可以做局部麻醉。
创伤比较小的手术，比如输尿管软镜或者体外碎石，基本上术后没有明显的疼痛感，但是对于创伤大的手术，比如经皮肾镜碎石取石术、腹腔镜、输尿管肾盂切开取石术，甚至开放手术治疗肾结石，手术疼痛程度就会明显增加，特别为开放手术，刀口通常要10cm以上，手术以后切断神经、肌肉、皮肤，对于大多数人来讲都会有明显的痛感。术后可以用自控镇痛来进行缓解，在口服药、输液当中，加入适当的镇痛药物或者解痉药物，也有助于减轻手术以后的痛感。