功能性分流是指部分病变重的肺泡通气明显减少，而血流未相应减少，有的甚至因为炎症充血时，血流量相对增多，这样每分钟通过肺泡的气体量，以及每分钟通过肺泡的血流量比值就显著减少，以至于流经这部分肺泡的动脉血未经过充分氧合，未充分动脉化，便渗入了动脉血中，这种类似动静脉短路的情况，称为功能性分流。
常见的疾病，如支气管哮喘、慢性阻塞性肺病、肺间质性疾病、肺水肿等均可引起功能性分流。