腭裂的形成是在胎儿的发育过程当中，特别是胎儿发育成形的前12周受到了某些因素的影响，致使各个突起正常的发育及融合受到阻挠的时候，就可以形成腭裂畸形。
在腭部的发育过程当中有前腭突和侧腭突，也称为原发腭突和继发腭突，原发腭突和继发腭突融合就形成腭前三分之二，继发腭突或者是侧腭突之间融合形成硬腭的后部和软腭。
如果在胚胎发育的前2-3个月遇到了外界因素的干扰，造成侧腭突没有融合，就会形成不完全腭裂。
如果前腭突或者是原发腭突和侧腭突，或者是继发腭突之间也没有发生融合，就会形成完全腭裂，可以是单侧的完全腭裂，也可以是双侧完全腭裂。