良性病变有时也需要做免疫组织化学染色，具体原因如下：
第一、确定细胞类型，主要是利用细胞内某些特定成分制备的抗体，可以标记出细胞内的相应抗原成分，用以确定细胞的类型，例如角蛋白是上皮细胞内的特有成分，可以作为各种上皮的广谱标记。
第二、辨认细胞产物，利用某些细胞产物作为抗原制备的抗体，可以作为相应产物的特殊标记，例如内分泌细胞产生的各种激素，大多可以用免疫组织化学技术标记出来。
第三、寻找、辨别特殊的细胞，有些细胞，如表皮内的朗格汉斯细胞、黑色素细胞、淋巴结内的树突状细胞等，有时在光镜下难以区分，则需要做免疫组织化学标记，能够清晰显示其形态，用于这些肿瘤的诊断。
第四、寻找感染病因，对于感染性的疾病可利用特定抗体寻找感染原，例如人乳头状瘤病毒、乙型肝炎病毒、表面抗原、核心抗原的抗体、EB病毒等分别进行标记。
第五、指导临床的治疗和预后，如CD117通过免疫组织化学染色，对于胃肠道间质瘤具有诊断价值，也可提供靶向治疗参考。