桥本甲状腺炎是自身免疫性疾病。目前对自身免疫的过程、性质仍存在争议，考虑与人类白细胞抗原有关，即HLA基因在桥本甲状腺炎的发展过程中起了重要作用，但否合并有其它危险因素暂时不能明确。同时吸烟在桥本甲状腺炎的作用也相当明显，部分病人可能会因为吸烟而导致合并甲减，这是目前桥本甲状腺炎导致甲减的重要危险因素。人类的T淋巴细胞病毒与自身免疫性的相关性病毒也有报道，但是目前没有明确是某一种原因导致桥本甲状腺炎的发生。