乙肝大三阳携带者若出现了小二阳，提示病毒的传染性下降，是疾病好转的迹象，建议进一步行乙肝病毒DNA的检测。如果乙肝病毒DNA也出现下降，提示机体在通过免疫力杀伤乙肝病毒。对于乙肝携带者，无论是乙肝大三阳、乙肝小三阳，只要肝功能正常，不需要进行抗病毒治疗。
如果出现了肝功能异常，表现转氨酶升高、胆红素升高、γ-谷氨酰转肽酶升高，患者可以口服抗病毒药物进行治疗。目前一线的抗病毒药物包括恩替卡韦、替诺福韦，以及丙酚替诺福韦，都能有效抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，降低肝癌的发生概率。但乙肝的抗病毒药物并不能彻底清除血液中的乙肝病毒，所以大部分乙肝携带者需要终身定期进行肝病的体检。