穿掘性毛囊炎容易反复发作，治疗上以杀菌、消炎、收敛、干燥和减少复发为原则。对于已经形成的脓肿，有波动感或者已经有窦道形成的时候，要及时的切开引流。顽固的患者可以用浅层X线照射，或者口服异维A酸胶囊，也可以用抗生素、糖皮质激素、非甾体类抗炎药，三类药物联合口服治疗。
局部治疗，可以抽取疱液后外用2%莫匹罗星软膏、夫西地酸霜、氧氟沙星凝胶、聚维碘酮溶液等。口服药物应首选耐青霉素酶类的青霉素制剂，比如青霉素V钾片或者氯唑西林，对青霉素过敏患者可以用红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等。