肺咳嗽和咽喉炎咳嗽的区别重点在于病因的不同，肺咳嗽多见于下呼吸道疾病，例如支气管炎、肺炎、肺结核，以及慢性肺部基础疾病，例如慢阻肺、支气管哮喘、支气管扩张、肺纤维化等。
咽喉炎的咳嗽多见于上呼吸道疾病引起，多见于急性扁桃体炎或咽喉炎的患者。患者的症状也有不同，咽喉炎的咳嗽多伴有咽喉部的瘙痒、疼痛感，有时还有声音嘶哑，患者的咳嗽多为干咳、痰少，一般无明显的胸痛、胸闷、发热等症状，而肺咳嗽的患者多有咳嗽、咳脓性痰、咯血、胸闷、胸痛以及不同程度的畏寒、发热等临床表现。
还可以行胸部影像学检查，肺咳嗽患者多有肺部影像学的异常，而咽喉炎的胸片检查多为正常。