前列腺囊肿的治疗主要通过手术治疗，前列腺囊肿有先天性跟后天性两种。先天性的前列腺囊肿又根据其发生的部位分为发生在前列腺囊上的前列腺囊囊肿和发生在前列腺实质内的前列腺囊肿，前列腺囊囊肿的发生率明显高于前列腺实质内的前列腺囊肿。对于较小的前列腺囊肿可以暂时进行随访观察，不予处理，也可以经会阴或者经直肠抽吸囊肿，但这种治疗方法容易造成感染和复发。
对较大的前列腺囊肿可以考虑手术切除，手术的途径可以经过耻骨后或者会阴，也有人主张经骶骨路径暴露较好，有利于手术完全切除囊肿。如果囊肿突出到膀胱内，可以经膀胱进行切除。