卵巢囊肿是否容易复发，与患者的年龄、卵巢囊肿的性质、个人的体质有一定关系。如果是卵巢巧克力囊肿育龄期的女性，那么卵巢巧克力囊肿是容易复发的。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位致卵巢形成，虽然把卵巢巧克力囊肿切除，但是有可能残留子宫内膜异位的病灶，女性每次来月经，残留的子宫内膜异位病灶有可能逐渐再次形成卵巢巧克力囊肿。
所以手术切除卵巢巧克力囊肿之后，需要肌注亮丙瑞林或者戈舍瑞林三个月到半年的时间，降低卵巢巧克力囊肿的发生率。
如果是近绝经的女性，卵巢巧克力囊肿的复发机率相对低，因为女性体内的激素含量相对比较少。如果是绝经的女性，异位的子宫内膜会逐渐的坏死，就不容易复发。