手术时使用的医疗器械，有两种消毒方法，即高温灭菌法和低温灭菌法。
一、高温灭菌法，是利用高热使微生物蛋白变性，达到杀灭细菌的目的。临床应用最广泛，常用有压力蒸汽灭菌法，适用于能耐受潮湿高热的器械和物品。还有快速蒸汽灭菌法，可用于裸露的器械和物品。
二、低温灭菌法，常采用环氧乙烷灭菌。临床应用最多，优点是不损伤灭菌物品，穿透力较强，杀灭微生物的效果较好。低温甲醛蒸汽灭菌法，可用于不能耐受高温的医疗器械。