支原体感染后常黏附于呼吸道黏膜的表面，损伤呼吸道黏膜，导致呼吸道分泌物增加，引起相应的临床症状。
所以小孩支原体感染的症状，主要在于以下几个方面：最突出的症状是咳嗽，在生病后2-3天开始，刚开始可能是干咳，然后转为顽固性的剧烈咳嗽。
小孩可能会有黏稠的痰液，偶尔会带血丝，甚至可能像百日咳样的咳嗽。
咳嗽的时间比较长，大于7-14天以上，用头孢类抗生素多半没有明显的治疗效果。
小孩病情相对比较重、免疫力低，可能还出现热度不一的发烧，可表现为高热、低热。
另外可能还伴有全身不适的临床症状，如乏力、头痛等。部分小孩可能还会有消化道症状，表现为食欲降低、腹部不适、腹胀，甚至腹泻。