甲硝唑对于肛窦炎的治疗有一定效果，但肛窦炎单纯的依赖甲硝唑通常达不到好的效果，需要综合治疗。肛窦炎主要是肛窦隐窝粪便积存，继发细菌感染所引起的感染性疾病，由于粪便中的细菌包括大量的革兰氏阳性球菌，革兰氏阴性杆菌以及厌氧菌。在临床上，一般抗感染的药物也就是抗生素，一般选择二代以上的头孢类，联合抗厌氧菌药物。
甲硝唑是临床上最常用的抗厌氧菌药物，所以甲硝唑对肛窦炎治疗有一定的效果。除此以外，对于肛窦炎还需要良好的饮食习惯养成，包括避免进食过于油腻、辛辣、刺激性食物，养成每日定时大便的良好生活习惯，多进食蔬菜、水果，从而保持大便松软、通畅，排便后局部及时的清洗，再配合药物的使用，才能够达到良好的效果，否则单纯的依赖甲硝唑通常效果并不明显。