扁平疣的主要症状是在局部皮肤出现扁平的丘疹，丘疹基本上是皮肤颜色的，或者是比皮肤颜色稍微深一些，呈淡褐色，丘疹的大小大部分0.1-0.3cm不等。
另外，也有个别的会融合成斑块，最好发的部位是暴露的部位，比如手背、手腕、前臂或者是面部，因为属于感染性的疾病，是人乳头瘤病毒HPV感染所导致的，所以容易不对称分布。
比如在面部，可能左面颊部或者是左颞部有20-30个，右面颊部、右颞部可能只有3-5个或者是根本就没有。
有时候会出现同形反应，就是因为局部的抓挠，使得扁平疣传染形成一串一串的样子，叫同形反应，所以得了扁平疣不要去抓挠、刺激，一般没有什么明显的自觉症状。