神经官能症往往是功能性疾患，其临床表现多样、症状复杂，多数人表现为情绪不稳定，学习和工作能力下降，有明显痛苦感，做各种辅助检查都没有阳性发现。
患者往往表现为头晕、头痛，不伴有天旋地转，可有严重失眠，表现为入睡困难或早醒，患者整天无精打采、疲乏无力。有些患者伴有心慌、气短、胸闷等症状，还有些患者会有些消化道症状。
如功能性消化不良、腹泻或者便秘，通常没有器质性病变，对于这类患者多给予心理治疗或者抗焦虑药改善睡眠多能缓解。