跑步后小腿肌肉疼痛，其常见原因有以下两种：
第一、跑步，尤其是长跑强度比较大，如果平时很少参加体育锻炼，小腿肌肉强度不够，在剧烈运动后会出现小腿肌肉纤维发生细微损伤，一般会发生延迟性肌肉酸痛，肌肉酸痛会反复发作，直至肌肉强度增加并能适应跑步强度；
第二、跑步前后未进行正确的热身活动及拉伸运动，邻近肌肉之间黏滞性过大，导致肌肉在运动时发生损伤，引起小腿肌肉疼痛，跑步后未进行放松性慢跑或肌肉拉伸，肌肉会在运动后出现痉挛性疼痛。