真菌性角膜炎的治疗主要是进行抗真菌的治疗，真菌性角膜炎是因为人在一些户外活动的时候与植物相接触，损伤角膜而产生的，它的表现的主要就是苔藓样的角膜的瘢痕，是比较具有典型的代表。所以真菌性角膜炎是比较难治的，相对于细菌感染造成的，病毒感染造成的角膜炎，真菌性角膜炎的存在比较顽固，相对治疗也比较难治。
目前临床上面的抗真菌的药物相对是少一些，一般是使用氟康唑、酮康唑的眼药水来进行治疗，但是有些患者治疗以后会反复的发作，因为真菌是有一些孢子的，孢子和菌丝有时候难以完全的清除，会隐藏在眼睛的里面，经常容易复发。所以真菌性角膜炎要想彻底治愈需要很长的时间，并且也需要非常好抗真菌药物来进行协助的治疗，但是目前的临床上这种药物相对还是比较少，所以是治疗效果是令人堪忧的。