对于肝囊肿确诊是可以使用磁共振进行判定的，但也要注意与肝囊腺瘤、胆总管囊肿、肝包虫病等进行鉴别，磁共振建议做磁共振平扫加增强加MRCP，能够更有效的进行相应疾病的鉴别。
肝囊肿磁共振的MRCP可以有效判定囊肿是否出现胆管相通的情况，而磁共振平扫加增强可以进一步的明确囊内是否有相关的突起性病变，以与肝囊腺瘤、囊腺癌进行鉴别。
普通的肝囊肿如果没有任何的症状可以无需处理，定期复查、随访即可。
但如果囊肿增大引起相应的压迫症状，腹部包块，合并感染、出血、胆瘘时，需要进一步的治疗。