正常乳酸杆菌的存在有利于预防霉菌性阴道炎，如果乳酸杆菌的生长受到抑制，乳酸杆菌减少，则霉菌性阴道炎就容易发生。霉菌在女性阴道里面本身就有少量的存在，一般情况下不会致病，它不会致病的其中一个原因就是乳酸杆菌的存在。阴道里面平时就有多种微生物存在，包括需氧菌、厌氧菌，以及极少量念珠菌，由于阴道与这些微生物之间形成的生态平衡，并不会致病。这种阴道生态平衡一旦被打破，或者外源的病原体侵入，就会导致阴道炎症的发生。霉菌性阴道炎的发生主要就是由于平衡被破坏，念珠菌大量繁殖。
长期使用抗生素可以抑制阴道内乳酸杆菌的生长，乳酸杆菌在阴道里面可以维持阴道的酸性环境，产生的H2O2以及其他抗微生物因子，可以抑制或杀灭其他细菌。长期使用抗生素、免疫抑制剂，或者其他的一些因素，比如阴部长期处于潮湿环境，都可以抑制乳酸杆菌的生长。阴道的酸性环境有利于乳酸杆菌的生长，抑制其他微生物的生长。如果乳酸杆菌受到抑制，就容易导致念珠菌大量繁殖，出现菌群的失调，而引起阴道炎症。