偏头疼的患者常常反复发作，发作期可以使用非甾体类的止痛药，如芬必得、扶他林或者去痛粉。如果效果不好可以口服曲普坦类的药物，多能收到明显的效果。对于经常反复发作的偏头痛患者也可以使用预防性的用药。
预防用的用药包括几大类，如钙离子拮抗剂，像维拉帕米、盐酸氟桂利嗪。还有抗癫痫药，如丙戊酸钠、托吡酯等药。此外也可以使用5-羟色胺再摄取抑制剂等抗焦虑抑郁的药物，常用的有帕罗西汀、舍曲林，还可以使用双通道的药物，如度洛西汀、文拉法辛等，都能收到比较好的效果。目前还有新型的治偏头痛等药物，如降钙素原基因相关肽也可以使用。