治疗支原体感染，需要服药的疗程因人而异，绝大多数人5-7天即可。如果是首次感染支原体，而且不是耐药的支原体，又是尿路感染，通常治愈比较容易，使用大环内酯类药物或者四环素类药物，例如阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素、米诺环素、多西环素等这些敏感抗生素，治疗支原体一般5-7天基本上都可以治愈。治愈的标准是症状消失，尿常规正常，支原体培养阴性，连续两次阴性比较保险，这样比较确切。
如果支原体不是尿路感染，而是前列腺感染，或者是附件、盆腔感染，治疗的疗程就需要加倍的延长。因为这些部位病菌藏得比较深，组织比较厚，药物穿透也相对比较慢，所以大多数人需要两周甚至更长的时间，治愈的标准和尿路感染一样。少数人感染的支原体有可能是耐药菌，也就是说对常规的这些大环内酯或者四环素类药物不敏感，就要做药物敏感性测试，从中选取敏感抗生素，再进行耐药支原体感染的治疗，相对来说比较难治，有些人一个月，甚至更长的时间也未必能够达到治愈的标准。