萎缩性胃炎的主要临床表现为非特异性消化不良的症状，比如上腹痛、腹胀、恶心、呕吐、早饱，进食可以加重，有部分患者会出现食欲减退、嗳气、反酸等等。另外，有一部分患者可能会出现消瘦、乏力、焦虑、头晕、贫血等等，或者舌炎、轻微黄疸等自身免疫性胃炎所导致的维生素B12吸收不良等等。
70%-80%的患者可能没有任何临床表现，有部分患者有消化不良的症状。对于出现上述症状者，建议行内镜检查，及早明确诊断，进行治疗干预。萎缩性胃炎常常伴有幽门螺杆菌感染，根除幽门螺杆菌治疗以后萎缩性胃炎能够得到明显改善，所以早期诊断、早期治疗是对萎缩性胃炎最好的方式。