肺脓肿的死亡率是非常低的，一般经过积极的治疗可以达到治愈的目的。
患者确诊为肺脓肿后，应该使用抗生素进行治疗，由于肺脓肿的常见致病菌包括厌氧菌，所以使用的抗生素要覆盖厌氧菌，例如青霉素、甲硝唑、克林霉素、林可霉素等，同时可完善痰培养的检查，根据药敏结果试验选择抗生素。
临床上要注意痰液的引流，包括体位引流和使用去痰的药物，常用的去痰药物包括氨溴索、溴己新、乙酰半胱氨酸、桉柠蒎肠溶软胶囊等。经过上述治疗患者病情无好转时，可根据病情采取介入以及手术的治疗。