正常的根管治疗一般分拔除牙神经，根管预备和根管充填。如果是活髓牙或者有牙髓炎的牙，这时在拔神经的过程当中会出现一定程度的疼痛，把神经拔除以后，进行根管预备和根管充填就不会出现明显的疼痛了。如果是根尖周炎，在疼痛的时候不能进行根管预备，拔除了神经还需要根管换药。
在根管换药的过程当中，可能由于引流不够通畅或者炎症没有明显控制，也会出现一定程度的疼痛。随着炎症的引流，根尖周围炎症被控制，这时疼痛会慢慢减轻。待引流物完全消失，引流的棉捻没有异味，没有颜色以后再进行根管预备和充填。