宫颈囊肿是宫颈转化区生理改变的结果，所以和同房没有关系，不影响性生活。在宫颈转化区中，鳞状上皮在取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或者深入腺管腔内，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿，在镜下可以见到囊壁被覆单层扁平的宫颈黏膜上皮。妇科检查时可以见到宫颈表面突出多个青白色的小囊泡，其内含有无色的黏液。
宫颈腺囊肿是宫颈转化区生理改变的结果，而非炎症，其中的意义主要在于提示此处为原始的鳞柱交界处，一般不需要进行特殊的治疗，进行宫颈的锥切、宫颈排癌检查以及阴道镜活检时，可以作为一种解剖的标志。因此，宫颈囊肿是一种生理性现象，和同房没有明显关系，不影响性生活，也不会因为由于同房而使宫颈囊肿加重，或者导致不适的症状。