引起偏头痛常见的原因包括原发性头痛疾病，颅内器质性病变和颅外器质性病变。原发性头痛疾病引起偏头痛主要见于丛集性头痛和偏头痛。颅内器质性病变引起偏头痛，一般见于颅内肿瘤或者脑血管疾病，主要见于大面积脑梗死和脑出血；也可能是由于中枢神经系统感染性疾病所引起的，主要见于脑炎；如果有颅内寄生虫感染时，患者也可以出现偏头痛。颅外器质性病变引起偏头痛，常见的疾病包括牙部病变、额窦炎，也可能是由于青光眼所引起的；另外也可见于神经痛，包括三叉神经痛、枕大神经痛或者颞神经痛，各个神经痛的患者，头痛的部位不同。