根管治疗第二次一般不会有明显的疼痛，因为牙神经已经都基本上清理干净，但是如果对于残髓炎根管第一次治疗完以后还留有部分的牙髓，出现残髓炎等牙髓的症状是有比较明显的疼痛，这种情况可以在局部麻醉条件下进行再次治疗。
但是根管治疗由于第一次治疗的失败，再次进行治疗以后可能会出现术后疼痛比较明显的症状，在每次治疗期间或治疗之后可能会出现2-3天的疼痛，但是一般都可以忍受，也是比较常见的。如果疼痛的比较明显可以服用抗厌氧菌的抗生素，甲硝唑、奥硝唑、替硝唑等都可以缓解。