甲硝唑治疗尿路感染效果不理想，尿路感染的常见致病菌为革兰氏阴性杆菌，其中以大肠埃希菌最为常见，约占全部尿路感染的85%，还有为克雷伯杆菌、变形杆菌、柠檬酸杆菌属等，5%-15%的尿路感染由革兰氏阳性细菌引起，主要是肠球菌和凝固酶阴性的葡萄球菌。
其他病原体感染有腺病毒、结核分枝杆菌、衣原体和真菌，尽管有这么多类型的细菌，但都属于需氧菌或兼性需氧菌，而甲硝唑为硝基咪唑类药物，具有抗厌氧菌的作用，故被列为抗厌氧菌的基础药物，广泛用于厌氧菌感染的治疗，对需氧菌或兼性需氧菌无效。