桥本甲状腺炎的确诊指标，通常是依据于血液当中甲状腺自身抗体的检测，以及甲状腺穿刺细胞学。桥本甲状腺炎是一种自身免疫性甲状腺炎，自身免疫的患者体中会存在针对甲状腺的自身抗体，如抗甲状腺球蛋白抗体、抗甲状腺过氧化物酶自身抗体、抗甲状腺微粒体抗体等等，这种自身抗体存在通常都支持桥本甲状腺炎的诊断。
针对桥本甲状腺炎的患者，通常容易出现甲状腺体积的增大，有些患者会出现甲状腺结节。在进行细针穿刺学时，可以了解到这种穿刺结果为以淋巴细胞浸润为主，这些都是支持桥本甲状腺炎确诊的指标。同时，针对桥本甲状腺炎，还要了解一下功能是否受到损害，因为桥本甲状腺炎的患者容易出现甲状腺功能减退症。