生理性卵巢囊肿不会引起疼痛，是由于卵子从卵泡排出的过程中形成的囊肿，并不会引起下腹部疼痛的情况，不需要治疗，一般会自行吸收、消失，在下次月经干净后的3-7天做B超检查，可以发现卵巢囊肿已经消失。
如果卵巢囊肿引起疼痛的，考虑是病理性的，有可能是由于存在炎症，炎症渗出导致囊肿，建议静脉输注抗生素进行治疗，也可以口服桂枝茯苓胶囊进行治疗，按疗程规律的用药，再次做B超检查囊肿是否缩小或者消失。
如果囊肿没有明显的改善，定期做B超，囊肿逐渐增大，直径超过5cm，就需要做手术将囊肿切除治愈。