子宫内膜薄有一定的先天性因素影响，部分女性先天偏薄。子宫内膜薄也分为全身因素和局部因素两种，全身因素包括女性内分泌激素失调，例如长期孕激素不足，雌激素较低以及生长激素缺乏等。因为体内内分泌失调严重，会对体内激素造成失衡，使内膜周期性的变化发生紊乱，容易导致子宫内膜变薄。
局部因素包括女性子宫内膜受到损伤，发生粘连以及缺如等，如果女性多次进行人工流产，会使子宫内膜基底层受到一定的损伤，其再生功能下降或者女性子宫发育出现畸形也是内膜薄的原因之一。最后，频繁进行子宫操作，例如放置节育环，取环等操作造成宫腔粘连等，也会导致内膜薄且经量少。