脑结核临床上大多数为结核性脑膜炎，患者可以出现低热、头痛、恶心、呕吐，同时出现脑膜刺激征，包括颈项强直、克尼格征阳性和布鲁津斯基征阳性。
严重时患者可以出现高血压，表现为恶心、呕吐，出现眼压增高，可以导致脑疝，引起患者死亡，出现意识障碍，包括嗜睡、昏睡、昏迷的大脑皮质状态和植物状态。如果结核杆菌侵犯到脑实质，会出现躯体症状，包括肢体无力、感觉障碍、头晕和平衡障碍，有些患者可能会出现智能障碍，也可以出现结核中毒症状，表现为盗汗、低热。