流行性乙型脑炎主要的传染源是猪，猪感染乙型脑炎病毒后血中的病毒数量比较多，病毒血症持续的时间比较长，而且猪的饲养面比较广，更新率比较快，因此猪是乙型脑炎的主要的传染源。一般会在猪中引起乙型脑炎的流行，可以通过蚊子叮咬猪，然后再叮咬其他的猪。
蚊子在叮咬人之后可以引起人的感染，人感染了乙型脑炎病毒后可以出现短暂的病毒血症，但是数量比较少，而且持续的时间比较短，所以人不是乙脑的主要传染源。其他的家畜，比如牛、马、羊、鸡、鸭、鹅等，也可以感染乙型脑炎病毒，但它的重要性不如猪。感染病毒后病毒血症，以及存在病毒血症的时间都不如猪长，所以猪是乙型脑炎很重要的传染源。