预防肛瘘复发的关键是处理内口，保证内口准确同时要切开挂线，要对瘘管彻底切开引流避免形成假道，彻底切除外口保持引流通畅。
在肛瘘愈合过程当中每日切口换药，刮除不健康的肉芽组织，避免假性愈合，同时配合活血化瘀、消肿止痛的中药熏洗，或者温水坐浴，每日两次每次二十分钟。
如果是由于克罗恩病引起的肛瘘，需要积极治疗原发病，可以应用免疫抑制剂、美沙拉嗪治疗，如果原发病不能控制会极易出现复发。
如果是由于结核引起的肛瘘，需要正规抗结核治疗，应用雷米封、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺等进行治疗，结核控制后肛瘘即可愈合。