如果囊肿指的是卵巢囊肿，一般是不会影响月经。卵巢囊肿是较为常见的妇科疾病，根据卵巢囊肿的性质不同，可以分为生理性囊肿和病理性囊肿，具体如下：
一、生理性的囊肿大多数见于月经后半期，在排卵以后形成的卵巢黄体囊肿。黄体囊肿是月经正常周期的表现，由于排卵以后黄体形成生理性囊肿，所以不影响月经。
二、病理性囊肿可能是有卵巢炎性囊肿或者卵巢子宫内膜异位囊肿。卵巢炎性囊肿是由于慢性盆腔炎症所导致局部的炎性组织，往往是输卵管和卵巢共同包裹形成炎性肿物，一般不会影响月经，但是会出现腹痛和发烧的症状。卵巢子宫内膜异位囊肿，子宫内膜异位囊肿又称为巧克力囊肿，巧克力囊肿的主要表现是腹痛和痛经，一般对于月经周期是没有太大影响。如果是卵巢巧克力囊肿较为严重，侵犯到卵巢组织，导致卵巢组织功能衰退，也有可能影响月经。