睾丸发生萎缩后常常不可能恢复，睾丸萎缩最常见的原因是睾丸附睾扭转。当发生睾丸扭转后，由于睾丸供血动脉受阻，引起睾丸、附睾缺血、坏死，进而引起睾丸萎缩。
当睾丸发生萎缩后，超过数天时间，再做睾丸扭转复位术，也不能改善睾丸萎缩症状。睾丸萎缩还见于急性流行性腮腺炎，流行性腮腺炎可以引起双侧睾丸萎缩、变小，常常影响病人生育能力，也常常不能够恢复。