鼻窦炎的治疗最主要的就是用足量、足疗程的抗菌素，如果没有特殊的过敏史，比如可以用青霉素类和头孢类，同时还可以用一些抗组胺药，包括中成药，还有高渗盐水做鼻腔冲洗。
鼻窦炎一般分为急性和慢性，急性鼻窦炎最主要采用足量的抗菌素控制感染，如果有头疼或者局部鼻窦部胀痛时可以适当的用止疼药，解热镇痛。
可以辅助用中药治疗，比如通窍解热的中成药。也可以选择一些鼻内局部的糖皮质激素鼻喷剂来改善局部炎症，同时辅助用鼻腔冲洗。
而慢性鼻窦炎一般包括药物和手术治疗，药物治疗慢性鼻窦炎包括大环内酯类的抗菌素，它可以减少慢性细菌感染的毒性和减少细胞损害。
可以用一些鼻内的减充血剂，能够收缩鼻腔肿胀的黏膜，以利于鼻窦的引流。抗组胺药可以明显的减轻打喷嚏、流涕的过敏的症状。
还可以用黏液促排剂来改善鼻窦黏膜的纤毛清除，也可以用一些中成药作为辅助治疗，鼻腔冲洗一般都还是建议同时应用。