硝酸甘油常见的副作用是引起头痛，这种头痛可在用药后立即发生，可以是剧痛，也可能是持续性的头痛，偶然还可能会发生眩晕、虚弱、心悸和其他体位性低血压的表现，尤其在直立、制动的患者中容易出现，还可能会发生明显的低血压反应，表现为恶心、呕吐、虚弱、出汗、苍白和虚脱，还有可能会引起晕厥、面色潮红、药疹和剥脱性皮炎等。
在用药时有以下患者应该禁止使用硝酸甘油，硝酸甘油禁用于心肌梗死早期、有严重低血压及心动过速时，还有严重贫血、青光眼、颅内压增高和已知对硝酸甘油过敏的患者，也禁用于使用枸橼酸西地那非的患者，后者可以增强硝酸甘油的降压作用。