母乳性腹泻大多数患儿症状较轻微，不影响生长发育，而且腹泻随着年龄的增长，可以逐渐缓解，一般不需要特殊治疗。少数患儿临床症状比较严重，每天腹泻10次以上，同时伴有脱水、体重不增等症状，就需要及时给予进行治疗，治疗主要采用药物和饮食治疗。
一般来说，药物治疗可以首选吲哚美辛，吲哚美辛为前列腺素抑制剂，能够降低母乳中前列腺素E2的含量。此外，可以口服微生态制剂，比如双歧杆菌、乳酸杆菌、嗜热链球菌制剂等等，能够促进乳糖的消化，同时能够促进肠道益生菌的生长，对于生理性腹泻有一定的疗效。所以说生理性腹泻，轻度的不需要治疗，重度的可以选择口服药物进行治疗。