舌骨囊肿如果非常小，在表面上不能看到，可以暂时保守治疗、观察。如果比较大已经能从外表上看到舌骨囊肿，同时做B超已经超到囊肿形态以及囊内的液体，这时可以考虑手术切除。
手术切除建议在全麻下胫前正中切口，在囊肿的隆起处切开皮肤，另外顺着皮下组织把囊肿完整切除。如果囊肿粘连和舌骨比较明显，进行舌骨的部分切除，主要的目的是完整切除囊肿，不留残余。如果留有残余容易复发，术后需要定期换药，抗炎治疗一周可以完全康复。