宫颈囊肿不会影响月经失调，跟月经没有关系，绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化。子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口，或深入腺管，将腺管口堵塞，导致腺体的分泌物引流受阻，出现潴留，从而形成的宫颈囊肿。
月经的产生是由子宫内膜在卵巢激素的周期性改变下面，子宫内膜发生周期性增生、剥脱、出血，而引起月经。如果月经异常，月经提前、月经推迟或者经期延长，大多是由于卵巢激素的异常，雌孕激素分泌受到了影响，导致子宫内膜不能够按时的增生、剥脱、出血，或者是子宫内膜有病变，比如有宫内膜增生、宫内膜息肉、宫内膜癌，都会引起月经失调。如果是宫颈的病变，比如宫颈息肉会引起不规则的阴道出血，但这种出血是来自于宫颈，不是来自于宫腔，所以不是月经。